Þann 4. febrúar 2009 barst Umhverfisstofnun erindi Borgarbyggðar þar sem óskað var eftir umsögn um tillögu að lagningu vegar í Eldborgarhrauni í Hnappadal sem var u.þ.b. 2 km að lengd. Í umsögn Umhverfisstofnunar dags. 11. febrúar 2009 kom fram að stofnunin teldi að falla ætti frá ofangreindri tillögu um veglagningu, enda gerði tillagan ráð fyrir lagningu vegar á svæði á náttúruminjaskrá og um ósnortið eldhraun sem nýtur sérstakrar verndar samkvæmt 37. gr. laga um náttúruvernd. 

Þann 2. júní sama ár var gefið út framkvæmdaleyfi af sveitarfélaginu Borgarbyggð fyrir lagningu vatnslagnar frá borholu sem fól í sér að ruddur var slóði meðfram lagnaleiðinni yfir áður nefnt svæði. Umhverfisstofnun barst ekki beiðni um umsögn vegna útgáfu ofangreinds framkvæmdaleyfis eins og skylt er samkvæmt lögum þegar um ósnortið hraun er að ræða og svæði á náttúruminjaskrá.

Umhverfisstofnun óskaði ítrekað eftir skýringum Borgarbyggðar á því að ekki hafi verið farið eftir gildandi lögum er málsmeðferðina varðar, en ekki hafa fengist fullnægjandi svör sveitarfélagsins. 

Umhverfisstofnun hefur einnig í umsögnum sínum bent á að á svæðinu eru arnarhreiður sem njóta sérstakrar verndar í lögum um vernd, friðun og veiðar á villtum fuglum og villtum spendýrum. Þar segir: 

„Óheimilt er að hrófla við hreiðrum og hreiðurstæðum arna og svæði sem takmarkast af 100 metra hringmáli umhverfis, hvort sem er á varptíma eða utan hans. Óheimilt er frá 15. mars til 15. ágúst að koma nær arnarhreiðrum en 500 metra nema brýna nauðsyn beri til svo sem vegna lögmætra nytja sem ekki er hægt að stunda á öðrum árstíma, enda sýni menn ýtrustu varfærni og forðist að trufla fuglana. 

Þessi takmörkun á umferð gildir bæði þar sem ernir eru að búa sig undir varp og við þau hreiður sem orpið hefur verið í og eru með eggjum eða ungum.” 

Þann 15. mars 2012 berst Umhverfisstofnun erindi skipulagsfulltrúa Borgarbyggðar þar sem óskað er eftir umsögn stofnunarinnar um lýsingu á deiliskipulagi á svæðinu. Markmið deiliskipulagsins er að skilgreina tvær byggingarlóðir og vegtengingar að þessum lóðum ásamt vegtengingu frá þjóðvegi.

Í umsögn Umhverfisstofnunar frá 13. apríl sl. til skipulagsfulltrúa Borgarbyggðar um fyrrnefnda lýsingu á deiliskipulagi, kemur m.a. fram að Umhverfisstofnun telji að ekki hafi verið farið að lögum við málsmeðferð þeirra framkvæmda sem um ræðir í deiliskipulagslýsingu. Miðað við náttúrufar á svæðinu og framangreindar reglur var að mati stofnunarinnar afar mikilvægt að viðhafa rétta röð við ákvarðanatöku og vanda allan undirbúning þeirra. Umhverfisstofnun telur að fyrirhugaðar framkvæmdir, svo og þær framkvæmdir sem ráðist hefur verið í nú þegar á svæðinu, séu brot á lögum sem eru til verndunar á hreiðrum arna sem og fela í sér röskun eldhrauns og svæða á náttúruminjaskrá. Leita hefði þurft allra leiða við að forðast að raska svæðinu eins og áskilið er. Umhverfisstofnun gerir því í umsögn sinni alvarlegar athugasemdir við lýsingu á deiliskipulaginu og telur stofnunin að hverfa eigi frá fyrirhuguðum áætlunum um deiliskipulag svæðisins.

Þann 4. júlí sl. skipulagði Umhverfisstofnun ferð á svæðið en stofnuninni höfðu þá borist fregnir af því að enn stæðu yfir framkvæmdir. Fulltrúar Umhverfisstofnunar fóru á svæðið ásamt fulltrúa Náttúrufræðistofnunar Íslands, fulltrúa sveitarfélagsins og fulltrúa sýslumannsembættisins í Borgarnesi. Samkvæmt upplýsingum frá sveitarfélaginu Borgarbyggð hafði þá verið gert samkomulag um að stöðva frekari framkvæmdir við ofaníburð að svo stöddu.  

Eftir vettvangsferðina sendi Umhverfisstofnun sveitarfélaginu Borgarbyggð bréf dags. 17 júlí sl. þar sem fram kemur að við vettvangsathugun hafi komið í ljós að, að mati Umhverfisstofnunar þá sé slóðinn sem ruddur hefur verið, umfangsmeiri en þörf var á til lagningar vatnsleiðslu og að enga vatnsleiðslu hafi verið að sjá á staðnum. Við skoðun kom einnig í ljós að nú þegar hafði verið byrjaður ofaníburður í slóðann.

Samkvæmt upplýsingum frá Náttúrufræðistofnun Íslands eru arnarvörp og hreiðurstaðir á svæðinu.

Umhverfisstofnun bendir á í ljósi framangreinds að í 37. gr. laga um náttúruvernd segir að eldhraun njóti sérstakrar verndar og skal forðast röskun þeirra eins og kostur er. Leita á umsagnar Umhverfisstofnunar og náttúruverndarnefnda áður en veitt er framkvæmda- eða byggingarleyfi til framkvæmda sem hafa í för með sér röskun þessarar jarðmyndunar. Í þessu tilviki hafi Umhverfisstofnun veitt margar neikvæðar umsagnir um málið ásamt því að benda á aðrar lausnir í málinu en þrátt fyrir það þá halda framkvæmdir óbreyttar áfram.

Skv. upplýsingum Umhverfisstofnunar liggur ekki fyrir leyfi til vegaframkvæmdar né undanþága til framkvæmdar nærri arnarhreiðrum og stofnunin telur að sú framkvæmd sé mögulega refsivert brot á skipulagslögum, lögum um náttúruvernd og lögum um vernd, friðun og veiðar á villtum fuglum og villtum spendýrum. Umhverfisstofnun hefur sent framkvæmdaraðila bréf þar sem hann er upplýstur það að stofnunin muni senda málið ásamt öllum gögnum sem því fylgja til rannsóknar lögreglu.