Hugmyndir hafa komið frá sveitarfélögum um að skipta hverri vatnasvæðisnefnd upp í minni svæðisbundna hópa, skipaða fulltrúum frá ákveðnu svæði, þar sem fundir yrðu haldnir „heima í héraði“. Við þá skiptingu gæti landhlutabundinn samstarfsvettvangur sveitarfélaga komið að notum (samtök sveitarfélaga í landshlutum). Einnig má skv. reglugerð nr. 535/2011 um flokkun vatnshlota, eiginleika þeirra, álagsgreiningu og vöktun setja á fót stýrihóp innan vatnasvæðisnefnda sem mætir á alla fundi en aðrir fulltrúar mæta sjaldnar og sinna heimavinnu.
Einn kynningarfundur verður haldinn í janúar í vatnasvæðisnefnd á vatnasvæðum 3 og 4 þar sem Umhverfisstofnun verður með kynningu. Slíkur kynningarfundur verður haldinn nokkru síðar á vatnasvæðum 1 og 2, fer eftir veðri og færð. Tveir fundir verða til viðbótar í hverri vatnasvæðisnefnd árið 2012, að vori (apríl) og að hausti (september/október), og einn fundur á ári eftir það. Fjöldi funda verður því mestur fyrsta árið, alls þrír.
Gert er ráð fyrir að unnið verði með afmörkuð svæði á fundum. Fulltrúar fara yfir lista frá Umhverfisstofnun yfir þekkt álag á vatn á vatnasvæðinu sem veldur óæskilegum áhrifum, lista yfir vernduð svæði (áhersla á vatnsvernd) og fleiri þætti. Síðan er gert ráð fyrir að fulltrúar vinni með gátlista (á fundum eða sem heimavinnu) þar sem spurningum er svarað um hvort álag er á vatn á öðrum svæðum en á lista frá Umhverfisstofnun, um hvaða aðgerða er þörf að mati fulltrúana til að bæta ástand vatns, forgangsröðun aðgerða, um hvort fleiri verndarsvæði eru innan vatnasvæðisins en á lista frá Umhverfisstofnun og um fleira. Þessi aðferð miðar að því að nýta þekkingu heimamanna sem best, þeirra sem þekkja svæðið.
Stjórn vatnamála og starf vatnasvæðisnefnda er til lengri tíma. Æskilegt er að fulltrúar sitji í nefndinni árin 2012- 2015 sem er innleiðingatímabil vatnatilskipunarinnar. Þannig telur Umhverfisstofnun óæskilegt að fulltrúum verði skipt út við hverjar kosningar en að sjálfsögðu tekur sveitarstjórnin slíkar ákvarðanir.
Sveitarfélag og umhverfis-/náttúruverndarnefnd getur sameinast um fulltrúa í vatnasvæðisnefnd. Einnig geta tvö eða fleiri sveitarfélög sameinst um fulltrúa. Í vatnasvæðisnefnd skal vera fulltrúi frá heilbrigðisnefnd en fleiri heilbrigðisnefndir geta sameinast um fulltrúa.
Heilbrigðisnefnd nær yfir fleiri en eitt sveitarfélag og hefur lögbundið hlutverk í stjórn vatnamála. Í sumum tilfellum hafa náttúruverndarnefndir verið sameinaðar öðrum nefndum og þá kallaðar umhverfisnefndir. Nefndir mega hvort sem er tilnefna embættismenn eða nefndarfólk (eða aðra).
Í löggjöfinni er horft til samfelldrar stjórnunar vatnasviða frá upptökum til ósa, ásamt strandsjó. Mörk vatnasviða, vatnaskil og aðrennslissvæði ráða því mestu um hvar mörk á milli vatnasvæða liggja. Þannig eru mörk vatnasvæða óháð mörkum sveitarfélaga eða öðrum stjórnsýslumörkum og því getur orðið misræmi þar á. Þau sveitarfélög eða heilbrigðisnefndir sem lenda innan tveggja eða fleiri vatnasvæða mega ráða því hvort þau tilnefni fulltrúa í vatnasvæðisnefnd á því vatnasvæði sem einungis lítill hluti þess lendir innan. Styðjast á við fyrirliggjandi gögn um vatn en fæst sveitarfélög hafa framkvæmt flokkun vatna.
Nei flokkun vatna er ekki nauðsynleg. Gert er ráð fyrir að við stjórn vatnamála og gerð vatnaáætlunar verði lögð áhersla á að nota grunngögn á borð við mengunarefnamælingar og saurgerlamælingar. Flokkun vatna verður að sjálfsögðu notuð þar sem hún liggur fyrir.